Dix-huit ans après les événements de Matrix Revolutions, Thomas A. Anderson (alias Neo) ne se souvient plus de rien et mène une vie d’apparence normale à San Francisco. Il se rend régulièrement chez un psychiatre à qui il raconte ses rêves étranges et qui lui prescrit des pilules bleues. Après la réapparition de visages familiers et en quête de réponses, Neo repart à la recherche du lapin blanc. Il rencontre un certain Morpheus, qui lui offre le choix entre rester dans la Matrice et prendre son envol.